Équipes et axes de recherche

L'Institut de la Vision fédère près de 300 chercheurs répartis en 18 unités de recherche spécialisées dans les pathologies ophtalmologiques. Ces unités, à la pointe de l'innovation scientifique, mènent des travaux de recherche translationnelle visant à développer des solutions technologiques de pointe et des innovations thérapeutiques pour la prévention, le diagnostic et la prise en charge de ces pathologies. Structurées en cinq axes de recherche stratégiques, les équipes de l'Institut de la Vision couvrent un large spectre de thématiques, allant de la physiologie moléculaire de la vision aux approches thérapeutiques innovantes.

Microscopie à modulation du front d'ondes

Les recherches du groupe Microscopie à modulation du front d'ondes combinent l’innovation technologique et des questions fondamentales en neurosciences.
Sur le plan technologique, le groupe développe des méthodes optiques avancées pour la stimulation et le suivi de l’activité neuronale (approches tout-optiques), intégrant l’excitation mono- et multiphotonique avec le façonnage spatio-temporel du front d’onde, l’illumination holographique, et l’ingénierie de sondes.
Du côté neuroscientifique, ces outils de pointe, associés à des actuateurs optogénétiques et à des approches d’imagerie fonctionnelle, sont utilisés pour étudier avec une précision sans précédent la connectivité fonctionnelle et le traitement de l’information dans les circuits neuronaux sous-jacents à la perception visuelle.
En parallèle, les connaissances issues de l’étude des circuits visuels et des développements méthodologiques avancés guident des efforts de recherche translationnelle à plus grande échelle, visant à comprendre et, à terme, à restaurer la vision chez l’être humain

Valentina Emiliani Directrice de recherche, Cheffe d'équipe
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Présentation

Combinées à des actuateurs optogénétiques et à des lasers amplifiés de haute puissance, ces stratégies optiques permettent un contrôle spatio-temporel précis de l’activité de neurones uniques ou de populations neuronales ciblées. Elles ont ainsi rendu possible la manipulation de circuits neuronaux dans des volumes de l’ordre du millimètre, avec une résolution spatiale cellulaire et une précision temporelle de l’ordre de la milliseconde dans le cortex de la souris, in vitro comme in vivo.
Couplées à l’imagerie calcique, le groupe a pu démontrer des approches tout-optiques de lecture/écriture permettant de suivre et de manipuler simultanément l’activité neuronale, ouvrant la voie à une cartographie fonctionnelle fine des circuits neuronaux.
En intégrant l’holographie multiphotonique à l’endoscopie, le groupe a montré la possibilité de réaliser simultanément de la photostimulation et de l’imagerie fonctionnelle rapide (jusqu’à 80 Hz) à résolution cellulaire chez des souris en libre mouvement, en ciblant à la fois des régions corticales et l’hippocampe.
Plus récemment, le groupe a démontré que le façonnage holographique de la lumière combiné au temporal focusing permet une imagerie de potentiel de membrane à haut contraste et haute résolution, in vitro et in vivo, dans des préparations densément marquées, notamment le cortex de la souris et des larves de poisson zèbre exprimant des indicateurs génétiquement encodés du potentiel de membrane basés sur la GFP ou les rhodopsines.
Ces travaux s'articulent autour de quatre domaines principaux :

  1. Optogénétique holographique à grande échelle et imagerie de voltage
    Nous développons des stratégies optiques pour la photostimulation multi-cibles à deux photons à grande échelle et l'imagerie fonctionnelle (Ca²⁺ ou voltage). Ces approches permettent une illumination précise et parallèle de larges ensembles neuronaux tout en maintenant une haute résolution temporelle et spatiale. À terme, ce travail vise une cartographie fonctionnelle à grande échelle, entièrement optique et à haut débit, de la connectivité neuronale à travers des régions cérébrales étendues et anatomiquement distribuées chez la souris.
  2. Manipulation tout-optique en profondeur avec microscopie holographique à trois photons
    Nous développons des approches holographiques avancées à trois photons pour une stimulation optique précise à l'échelle cellulaire et une imagerie fonctionnelle des populations neuronales profondes dans les tissus vivants. Ces méthodes ouvrent de nouveaux paradigmes expérimentaux pour explorer l'organisation et la dynamique des circuits neuronaux à travers les couches corticales.
  3. Manipulation tout-optique des circuits rétiniens
    Nous développons des interfaces tout-optiques « lecture-écriture » pour l'exploration non invasive des circuits rétiniens à travers plusieurs couches fonctionnelles. Ces systèmes permettent le contrôle des entrées rétiniennes au niveau des photorécepteurs, la manipulation des circuits internes de traitement rétinien, et le suivi des réponses neuronales au niveau des cellules ganglionnaires rétiniennes, dans la rétine de souris et des explants rétiniens de primates non humains.
  4. Manipulation tout-optique chez des animaux en mouvement libre
    Nous avons développé une nouvelle classe de microendoscopes flexibles à deux photons (2P-FENDO) permettant une imagerie quasi-cellulaire et un contrôle optogénétique de l'activité neuronale dans les couches corticales de souris en mouvement libre, avec acquisition rapide et champs de vue larges jusqu'à ~500 µm. Les architectures récentes de 2P-FENDO permettent également l'imagerie en profondeur et la photostimulation ciblée dans des régions profondes comme l'hippocampe. Ces instruments offrent des capacités uniques pour suivre et perturber les circuits neuronaux chez des animaux en comportement libre, ouvrant de nouvelles perspectives pour étudier les bases neuronales du comportement dans des conditions naturalistes.

Domaines de recherche

  • Manipulation tout optique chez des animaux en mouvement libre
  • Manipulation tout optique des circuits rétiniens
  • Optogénétique holographique et imagerie en tension
  • Manipulation en profondeur de circuits tout optique avec microscopie holographique 3P

Les membres de l'équipe

Valentina Emiliani Directrice de recherche, Cheffe d'équipe
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Benoit Forget Professeur des universités
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Quentin Gaucher Maître de conférence
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Eirini Papagiakoumou Chargée de recherche
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Dimitrii Tanese Chargé de recherche
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Emiliano Ronzitti Chargé de recherche
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Vincent De Sars Ingénieur de recherche
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Christophe Tourain Assistant Ingénieur
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Valéria Zampini Ingénieure de recherche
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Maria Dominguez-Escribano Ingénieure de recherche
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Imane Bendifallah Ingénieure de recherche
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Elodie Gonzalez Assistante ingénieur
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Mathias Imezgaren Ingénieur d'études
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Laurence Tricot Technicienne de laboratoire
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Rafael Castillo Negrete Post-doctorant
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Rémi Fournel Post-doctorant
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Amit Kumar Post-doctorant
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Ruth Sims Post-doctorante
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Gabriele Nardi Post-doctorant
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Jeremie Nataf Doctorant
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Tom Maslianitsyna Doctorant
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Ornella Riehm Doctorante
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Aysha Abdul Gaffoor Doctorante
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Marie-Louise Contreras Doctorante
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Polina Kostina Doctorante
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Julien Nassif Doctorant
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Hassan Heidarisaani Doctorante
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Shuquan Xiao Doctorant
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Publications scientifiques

Vous trouverez ci-dessous les dernières publications scientifiques dans le domaine : Microscopie à modulation du front d'ondes.

CHLOK: a chemigenetic multicolor labeling system to visualize neuronal birthdate and circuit integration

Giulia Faini , Matthieu Tuffery , Amna Saleem , Lixia Zhang , Felix Du , Guillaume Le Bourdelles , Karine Duroure, Eric Schreiter , Dimitrii Tanese , Valentina Emiliani , Minoru Koyama, and Filippo del Bene
Nature Neuroscience

2P-FENDO-II: a fiber bundle microscope for all optical brain study on large field of view in freely moving mice

F. G. C. Blot, D. Decombe , A. Lorca-Cámara, M. Anquetil, V. de Sars, C. Tourain, N. Accanto, V. Emiliani
2026 | Cell report methods |

Two-photon voltage imaging with rhodopsin-based sensors

Christiane Grimm, Ruth R. Sims, Dimitrii Tanese, Aysha S. Mohamed Lafirdeen, Imane Bendifallah, Chung Yuen Chan, Giulia Faini, Elena Putti, Filippo Del Bene, Eirini Papagiakoumou, Valentina Emiliani,
2026 | Neuron | https://doi.org/10.1016/j.neuron.2025.12.014

Roadmap for direct and indirect translation of optogenetics into discoveries and therapies for humans

Christian Lüscher, Valentina Emiliani, Nita Farahany, Aryn Gittis, Viviana Gradinaru, Katherine A. High, Botond Roska, José-Alain Sahel, Ofer Yizhar, Hongkui Zeng, and Karl Deisseroth
2025 | Nature Neuroscience | https://doi.org/10.1038/s41593-025-02097-9

High-throughput synaptic connectivity mapping using in vivo two-photon holographic optogenetics and compressive sensing

I-Wen Chen, Chung Yuen Chan, Phillip Navarro, Vincent de Sars, Emiliano Ronzitti, Karim Oweiss, Dimitrii Tanese and Valentina Emiliani
2025 | Nature Neuroscience | https://doi.org/10.1038/s41593-025-02024-y

Functional networks of inhibitory neurons orchestrate synchrony in the hippocampus

Marco Bocchio, Artem Vorobyev, Sadra Sadeh, Sophie Brustlein, Robin Dard, Susanne Reichinnek, Valentina Emiliani, Agnes Baude, Claudia Clopath and Rosa Cossart
2024 | PLOS Biology | https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3002837

Scanless two-photon voltage imaging

Ruth R. Sims, Imane Bendifallah, Christiane Grimm, Aysha S. Mohamed Lafirdeen, Soledad Domínguez, Chung Yuen Chan, Xiaoyu Lu, Benoît C. Forget, François St-Pierre, Eirini Papagiakoumou and Valentina Emiliani
2024 | Nature Communications | https://doi.org/10.1038/s41467-024-49192-2

Blue-shifted genetically encoded Ca2+ indicator with enhanced two-photon absorption

Abhi Aggarwal, Smrithi Sunil, Imane Bendifallah, Michael Moon, Mikhail Drobizhev, Landon Zarowny, Jihong Zheng, Sheng-Yi Wu, Alexander W. Lohman, Alison G. Tebo, Valentina Emiliani, Kaspar Podgorski, Yi Shen, and Robert E. Campbell
2024 | Neurophotonics | https://doi.org/10.1117/1.NPh.11.2.024207

Multicolor two-photon light-patterning microscope exploiting the spatio-temporal properties of a fiber bundle

Antonio Lorca-Cámara, Christophe Tourain, Vincent de Sars, Valentina Emiliani, Nicolo Accanto
2024 | Biomedical Optics Express | https://doi.org/10.1364/BOE.507690

Ultrafast light targeting for high-throughput precise control of neuronal networks

Giulia Faini*, Dimitrii Tanese*, Clément Molinier, Cécile Telliez, Massilia Hamdani, F. Blot, Christophe Tourain, Vincent de Sars, Filippo Del Bene, Benoît C. Forget, Emiliano Ronzitti #, and Valentina Emiliani
2023 | Nature Communication | https://doi.org/10.1038/s41467-023-37416-w

A flexible two-photon fiberscope for fast activity imaging and precise optogenetic photostimulation of neurons in freely moving mice

Nicolò Accanto*, François G. C. Blot*, Antonio Lorca Camara*, Valeria Zampini, Florence Bui, Christophe Tourain, Noam Badt, Ori Katz, and Valentina Emiliani
2023 | Neuron | https://doi.org/10.1016/j.neuron.2022.10.030

Descanned fast light targeting (deFLiT) two-photon optogenetics

Cecile Telliez, Vincent De Sars, Valentina Emiliani, and E. Ronzitti
2023 | Biomedical Optics Express | https://doi.org/10.1364/BOE.499445

Multiplexed temporally focused light shaping for high-resolution multi-cell targeting

Nicolò Accanto, Clément Molinier, Dimitrii Tanese, Emiliano Ronzitti, Zachary L. Newman, Claire Wyart, Ehud Isacoff, Eirini Papagiakoumou and Valentina Emiliani
2018 | Optica | https://doi.org/10.1364/OPTICA.5.001478

Temporally precise single-cell-resolution optogenetics

O. Shemesh, D. Tanese, V. Zampini, L. Changyang, P. Kiryln, E. Ronzitti, E. Papagiakoumou, E.S. Boyden, V. Emiliani
2017 | Nature Neuroscience | https://doi.org/10.1038/s41593-017-0018-8

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