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La plateforme de séquençage propose du séquençage de plasmides ou de produits de PCR par la technique de Sanger sur le séquenceur (ABI 3730 Genetic Analyzer, Applied Biosystems, 48 capilaires).

La plateforme travaille principalement sur des gènes associés à différentes maladies d'origine génétique, principalement celles affectant la rétine. Les exons et les parties introniques flanquantes sont amplifiés par PCR, purifiés de façon enzymatique (exonucleaseI / shrimp alkaline phosphatase) et séquencés ensuite avec un mix de séquences (mix BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit, Applied Biosystems) analysés sur le séquenceur.

Les résultats sont interprétés à l'aide d'un logiciel (SeqScape, Applied Biosystems).

La plateforme valide des variants identifiés par séquençage haut débit ciblé ou de l'exome entier et effectue des analyses de co-ségrégation familiale ou de sujets témoins pour les vairants sélectionnés.

La plateforme propose également le séquençage de plasmides aux différentes équipes de l’Institut de la Vision pour contrôler leurs séquences après clonage ou analyses de sur-expression cellulaires.


Publications

  • Audo I, Kohl S, Leroy BP, Munier FL, Guillonneau X, Mohand-Saïd S, Bujakowska K, Nandrot EF, Lorenz B, Preising M, Kellner U, Renner AB, Bernd A, Antonio A, Moskova-Doumanova V, Lancelot ME, Poloschek CM, Drumare I, Defoort-Dhellemmes S, Wissinger B, Léveillard T, Hamel CP, Schorderet DF, De Baere E, Berger W, Jacobson SG, Zrenner E, Sahel JA, Bhattacharya SS, Zeitz C (2009) TRPM1 Is Mutated in Patients with Autosomal-Recessive Complete Congenital Stationary Night Blindness. Am J Hum Genet. 85: 720-729.

  • Zeitz C, Labs S, Lorenz B, Forster U, Üksti J, Kroes HY, De Baere E, Leroy BP, Cremers FPM, Wittmer M, van Genderen MM, Sahel J-A, Audo I, Poloschek CM, Mohand-Saïd S, Fleischhauer J, Hüffmeier U, Veselina Moskova-Doumanova, Levin AV, Hamel CP, Leifert D, Munier FL, Schorderet DF, Zrenner E, Friedburg C, Wissinger B, Kohl S, Berger W. (2009) Genotyping microarray for CSNB-associated genes. Invest. Ophthalmol. Vis.Sci., 50: 5919-5926.

 


Equipe

Christina Zeitz
Responsable scientifique

Email : christina.zeitz@inserm.fr


Christel Condroyer
Responsable opérationnel

Email : christel.condroyer@inserm.fr